Il Liber notitiae sanctorum Mediolani, risalente alla fine del secolo XIII, cita la chiesa canonicale di Sant’Alessandro “de Besutio”. Nello Status ecclesiae mediolanensis, risalente alla metà circa del XV secolo, era ancora citata la canonica di Besozzo, che disponeva di un prevosto e tre canonici.
Verso la fine del XVIII secolo, secondo la nota specifica delle esenzioni prediali a favore delle parrocchie dello stato di Milano, la parrocchia di Sant’Alessandro di Besozzo possedeva fondi per 594.23.1,5 pertiche; il numero delle anime, conteggiato tra la Pasqua del 1779 e quella del 1780, era di 960 (Nota parrocchie Stato di Milano, 1781). Nella coeva tabella delle parrocchie della città e diocesi di Milano, la rendita netta della prepositurale in cura d’anime di Besozzo assommava a lire 2131; la nomina del titolare del beneficio parrocchiale spettava a Roma, il canonicato coadiutorale 485.5.8, era di nomina dell’ordinario (Tabella parrocchie diocesi di Milano, 1781).
Nel 1898, all’epoca della prima visita pastorale dell’arcivescovo Andrea Carlo Ferrari nella pieve e vicariato di Besozzo, il reddito netto del beneficio parrocchiale assommava a lire 2153; il clero era costituito dal parroco e da due coadiutori. I parrocchiani erano 2704, compresi gli abitanti delle frazioni di Beverina, Motta, Brunella, Pedroni, Premoneta; nel territorio parrocchiale esistevano le chiese e oratori di Santa Caterina da Siena, San Nicone, Sant’Antonio abate, Madonna Addolorata; nella chiesa parrocchiale era eretta la confraternita del Santissimo Sacramento, fondata nel 1683, la Pia unione delle Figlie di Maria e la Compagnia di San Luigi Gonzaga, la Pia unione della Santa Infanzia, la Pia unione della Propagazione della fede, e la congregazione del Terz’Ordine di San Francesco d’Assisi; era inoltre attiva una Società cattolica di mutuo soccorso, fondata l'1 dicembre 1890. Nel territorio della parrocchia era sita la casa religiosa delle suore Figlie della carità o canossiane, filiale della casa di Gallarate, eretta nel 1892. La parrocchia era di nomina arcivescovile (Visita Ferrari, I, Pieve di Besozzo).
Nel XIX e XX secolo, la parrocchia prepositurale dei Santi martiri Alessandro e Tiburzio di Besozzo è sempre stata sede vicariale, nella regione II, fino alla revisione della struttura territoriale della diocesi, attuata tra il 1971 e il 1972 (decreto 11 marzo 1971, RDMi 1971; Sinodo Colombo 1972, cost. 326), quando fu attribuita al nuovo vicariato foraneo e poi decanato di Besozzo, nella zona pastorale II di Varese.
